Pokyny k jednotlivým cvičením jsou barevně rozčleněny na:
Pokyny pro práci se Včeličkou jsou orientační, záleží především na pedagogovi, do jaké míry úkoly přizpůsobí podmínkám a situaci.
Cvičení nejsou vázána na pořadí, v kterém by měla být zpracovávána, pedagog toto pořadí určuje sám nebo po dohodě s kolegy.
Správná práce se Včeličkou neznamená vyplnění všech cvičení ve cvičebnici. Je na pedagogovi, co z měsíční nabídky ve Včeličce zařadí do svého třídního programu.
Pokud se rozhodnete s Včeličkou v mateřské škole pracovat, je skutečně nezbytné, aby ji mělo každé dítě ve skupině. S černobílými kopiemi jednotlivých cvičení nelze funkčně pracovat tak, aby to nebylo zcela v rozporu s celkovým konceptem projektu Včelička.
Pedagog po ukončení práce ukládá cvičebnice vždy na stejné místo ve třídě tak, aby k nim děti měly volný přístup. Včelička zůstává v průběhu celého roku ve škole a dítě ji odnáší domů jen na pokyn a se svolením pedagoga. V případě ukončení docházky v mateřské škole si dítě může své cvičebnice odnést domů.
Dítě začíná pracovat individuálně, hrou na pracovním listu ve Včeličce. Děti pracují společně po dobu 5–15 minut dle pokynů pedagoga. Ve druhém kroku pracuje dítě na téže úloze v prostoru ve skupině, a to formou pohybové hry, dramatizace apod.
Dítě tedy pracuje na tomtéž principu nejdříve samostatně a v klidu – „hlavou a rukou“ a poté v rámci dětské skupiny v pohybu – „celým tělem“. Tento režim (individualizace/grafické cvičení – socializace/pohybové cvičení), který je shodný pro všechna principiální cvičení, umožňuje zažít a fixovat daný princip
S časovým odstupem následuje opakování aktivit na pracovním listu ve Včeličce. Dítě provádí cvičení s jinou barvou pastelky, a tak samo poznává, jak zadání pochopilo, a odstraňuje nedostatky předchozího zápisu. Po ukončení cvičení se dítě podílí na hodnocení úkolu společně s pedagogem.